Ptolémée XIII Dionysos, né vers -61, est le fils de Ptolémée XII Aulète Néos Dionysos. Il succède à son père en -51 et règne conjointement avec sa sœur aînée Cléopâtre VII qu'il épouse.

Ptolémée XIII est en fait le jouet de ses mentors et ministres Achillas et Pothin qui organisent contre Cléopâtre une révolte (probablement en fin -49).

La jeune reine, se réfugie dans un premier temps en Syrie, lève des troupes et revient combattre son frère. C'est dans ce contexte assez confus que le 28 juillet -48 Ptolémée XIII fait assassiner Pompée venu se réfugier en Égypte après sa défaite face à César. Il espère, du moins ses conseillers car le roi n'a que treize ans, se concilier les faveurs du vainqueur mais ne s'attire que son mépris.

César reste en Égypte et tente de réconcilier le frère et la sœur imposant ainsi le retour de Cléopâtre au pouvoir. Ptolémée XIII prend les armes et dans un premier temps met en difficulté César (fin -48) qui ne possède que des effectifs réduits. Finalement battu, Ptolémée XIII prend la fuite mais se noie, semble-t-il accidentellement le 15 janvier -47. Ptolémée XIV lui succède comme époux et associé de Cléopâtre.