À 7 ans, son père, Leopold Mozart, commence à lui enseigner à jouer du clavier. Au début, elle semble avoir le potentiel d'une enfant prodige. Son père l'emmène alors dans plusieurs grandes villes, dont Vienne et Paris pour exploiter son talent. Elle est tôt reconnue comme une excellente joueuse de clavecin et de piano.

Mais, le talent de son jeune frère la relègue au second plan. Malgré son talent personnel, elle accompagne son frère dans plusieurs de ses spectacles mais n'est pas considérée comme une virtuose. Wolfgang la respecte et croit qu'elle pourrait avoir du succès comme professeur de musique ou comme musicienne à Vienne en Autriche, mais ce n'est jamais vraiment le cas.

Finalement, après que Wolfgang se soit rebellé contre son père, ils perdent contact et ne recommencent à se parler, de façon très formelle, qu'après la mort de leur père. Elle finit sa vie auprès d'un mari qu'elle n'aime pas, que son père lui a choisi refusant son propre choix, avec un enfant encore en vie et enseigne la musique à Salzbourg, une ville qu'elle n'aime pas non plus.

Elle meurt le 29 octobre 1829 à Salzbourg,